Arrêt maladie d'un salarié en TPE : le guide employeur 2026

Un lundi matin, votre seul salarié vous envoie un message. Il est malade, le médecin lui a prescrit une semaine d'arrêt. Vous savez qu'il faut faire quelque chose, mais quoi exactement ? Une attestation de salaire ? Un complément à verser ? Et à partir de quand ? Le doute s'installe vite quand on dirige une petite structure sans service RH.

Gérer un arrêt maladie n'a rien d'intuitif. Il y a le délai de carence, le maintien de salaire obligatoire, l'attestation à transmettre à la CPAM, les nouvelles règles 2026. Un dirigeant seul peut vite commettre une erreur qui se paie. Et l'erreur la plus fréquente n'est pas celle qu'on croit.

Dans cet article, vous saurez exactement quoi faire dès le premier jour. Combien vous devez réellement verser, ce que la loi a changé cette année, et comment éviter les pièges qui exposent à un redressement. Avec des repères chiffrés à jour 2026 et des cas concrets de TPE de l'Hérault.

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Les premiers réflexes quand un salarié vous prévient

La première chose à comprendre, c'est que le compte à rebours démarre immédiatement. Dès que vous recevez l'avis d'arrêt, plusieurs obligations s'enclenchent, certaines avec un délai serré. Un retard ici peut bloquer le versement des indemnités à votre salarié, et vous mettre en porte-à-faux.

Le salarié, de son côté, a ses propres obligations. Il doit vous prévenir et transmettre son volet dans les 48 heures. S'il ne le fait pas, la jurisprudence vous autorise à suspendre le complément de salaire, même s'il a l'ancienneté requise. Ce point est constant en droit du travail.

Une chose vous appartient en revanche : vous ne pouvez jamais interroger votre salarié sur la nature de sa maladie. Il n'a aucune obligation de vous informer de sa pathologie. Vous pouvez seulement, sous conditions, demander une contre-visite médicale si vous versez un complément.

Maintien de salaire : ce que vous devez vraiment verser

C'est le cœur du sujet, et la zone de flou la plus dangereuse pour un dirigeant. Non, la Sécurité sociale ne couvre pas tout. Et oui, dans la plupart des cas, vous devez ajouter un complément de salaire de votre poche. Voici la mécanique exacte.

Trois conditions ouvrent droit à ce maintien légal. Le salarié doit justifier d'un an d'ancienneté au premier jour de l'absence. Il doit aussi avoir transmis son arrêt dans les 48 heures et être pris en charge par la Sécurité sociale. Sans IJSS versées, pas de complément dû.

Le piège du calcul net des indemnités

Le maintien se calcule sur le brut, sous déduction des indemnités journalières. Concrètement, vous ne versez que la différence entre 90 % du brut et ce que la CPAM a déjà payé. Beaucoup de dirigeants paient deux fois la même somme par méconnaissance de cette déduction.

Un point fausse souvent les budgets. Depuis avril 2025, le plafond des indemnités journalières a baissé, passant de 1,8 à 1,4 SMIC. Mécaniquement, la part à votre charge augmente pour les salaires au-dessus du SMIC, puisque la CPAM en couvre moins. Votre complément grossit sans que vous l'ayez décidé.

Attention à votre convention collective

Le cadre légal n'est qu'un plancher. Votre convention collective peut imposer mieux : maintien à 100 %, suppression de la carence de 7 jours, durée allongée. Avant de calculer, vérifiez toujours votre texte de branche, sinon vous risquez de sous-payer votre salarié et de devoir régulariser.

Vous ne savez pas quelle règle s'applique à votre secteur ? Notre guide pour trouver la bonne convention collective en TPE vous aide à l'identifier avant de figer un bulletin.

Ce qui change en 2026 pour les employeurs

Si vous vous appuyez sur d'anciens repères, méfiance. Plusieurs réformes 2026 modifient la gestion des arrêts, et beaucoup de contenus en ligne ne les ont pas encore intégrées. Voici les évolutions qui touchent directement un dirigeant de TPE.

Ces changements ont un point commun : ils alourdissent le suivi. Plus de renouvellements à tracer, des compteurs de congés à tenir pendant l'absence, un complément à recalculer. Pour un dirigeant qui gère sa paie en plus de son métier, la marge d'erreur se réduit.

La veille devient un vrai sujet. Suivre les évolutions des plafonds, des taux et de la DSN demande du temps, et chaque oubli coûte. Pour comprendre cette obligation déclarative centrale dans la gestion d'un arrêt, consultez notre fiche sur la DSN et ses échéances.

Congés payés pendant l'arrêt : la règle qui surprend

Voici la nouveauté qui prend le plus de dirigeants au dépourvu. Pendant longtemps, un salarié malade n'acquérait pas de congés. Ce n'est plus le cas. Désormais, l'arrêt maladie génère des congés payés, et l'ignorer vous expose à un contentieux.

L'obligation d'information est le vrai point sensible. Au retour du salarié, vous devez l'informer du nombre de jours acquis et de la date limite pour les poser. Si vous ne le faites pas, le délai de report de 15 mois ne démarre pas, et les droits s'accumulent sans s'éteindre.

Sur les dossiers qu'on traite chez CDG, cette règle sur les congés acquis en maladie est celle qui génère le plus de régularisations a posteriori. Beaucoup de dirigeants l'ont découverte trop tard, en recevant une réclamation au moment d'un solde de tout compte. Anticiper le compteur dès le premier arrêt évite ce rattrapage.

Un départ se prépare aussi sur le calcul des congés restants. Pour ne rien oublier au moment de la sortie, appuyez-vous sur notre guide du solde de tout compte côté employeur.

Les erreurs qui coûtent cher au dirigeant

Certaines erreurs sur un arrêt maladie restent sans conséquence. D'autres déclenchent un redressement, un litige prud'homal ou un blocage des indemnités. Voici celles qui reviennent le plus souvent chez les petites entreprises, et comment les éviter.

La règle d'or tient en une phrase : pendant l'arrêt, le contrat de travail est suspendu, mais pas effacé. Le salarié reste tenu d'une obligation de loyauté, et vous restez tenu de vos obligations de paie et de déclaration. Aucune des deux parties n'est libérée de tout.

Sur la majorité des situations qu'on accompagne, le vrai blocage n'est pas le montant à verser. C'est la peur de mal faire qui pousse un dirigeant à improviser, puis à découvrir l'erreur au moment de la régularisation. Un cadre clair dès le départ vaut mieux qu'un rattrapage sous pression.

Vous voulez éviter un bulletin non conforme pendant un arrêt ? Demandez l'avis d'un conseiller CDG avant de figer la paie du mois.

Gérer seul ou déléguer la paie de l'arrêt

Une fois la théorie posée, reste la question pratique : qui s'occupe concrètement de tout ça ? Le dirigeant, un logiciel, ou un prestataire paie. Un arrêt maladie est précisément le moment où la paie devient technique, et où l'erreur se paie le plus cher.

La gestion interne semble gratuite, en apparence seulement. Un arrêt maladie mal traité peut générer un rappel de salaire, un litige sur les congés, ou un blocage des indemnités. Pour un seul salarié et un arrêt court, certains dirigeants s'en sortent. Dès que le dossier se corse, le temps et le risque grimpent vite.

Confier sa paie à un prestataire, c'est transformer un risque flottant en coût fixe. L'attestation part au bon moment, le complément est calculé juste, les compteurs de congés sont tenus. Pour beaucoup de petites entreprises locales, le calcul penche vers la délégation dès le premier salarié.

Le bon réflexe pour une TPE de l'Hérault

Chez CDG, l'approche part de votre situation réelle, pas d'un forfait standard. Notre équipe est à deux pas du tribunal de commerce de Montpellier, accessible par le tram ligne 3. Pour aller plus loin sur l'ensemble de vos obligations, notre guide complet sur la gestion de la paie détaille les bonnes pratiques.

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Questions fréquentes sur l'arrêt maladie d'un salarié

Faut-il payer les 3 premiers jours d'arrêt ?

Pour une maladie ordinaire, la carence de la Sécurité sociale est de 3 jours : aucune indemnité journalière n'est versée sur cette période. Côté employeur, la carence est de 7 jours, donc votre complément ne démarre qu'au 8e jour. Sur un arrêt très court, le salarié peut donc ne percevoir presque rien. Sauf si votre convention collective supprime ces délais, ce qui arrive dans plusieurs branches.

Que faire si le salarié n'a pas un an d'ancienneté ?

Le maintien de salaire légal suppose un an d'ancienneté au premier jour de l'absence. En dessous, vous n'êtes pas tenu de verser un complément au titre de la loi. Mais attention : de nombreuses conventions collectives abaissent ou suppriment cette condition. Vérifiez votre texte de branche avant de conclure que rien n'est dû, sinon vous risquez une régularisation et un rappel de salaire.

Peut-on licencier un salarié en arrêt maladie ?

Vous ne pouvez jamais licencier un salarié pour le seul motif de son état de santé, ce serait une discrimination nulle. En revanche, vous pouvez agir pour un motif étranger à la maladie, comme une désorganisation durable de l'entreprise rendant nécessaire un remplacement définitif. La procédure est strictement encadrée et le risque prud'homal réel : ne vous y engagez pas sans conseil.

L'attestation de salaire est-elle toujours obligatoire ?

Oui, dès qu'un arrêt ouvre droit aux indemnités journalières. C'est ce document, transmis via la DSN événementielle ou net-entreprises, qui permet à la CPAM de calculer le montant dû. Un oubli ou un retard bloque le paiement de votre salarié, et la responsabilité vous revient. Même pour un arrêt court, ne la négligez pas : c'est l'erreur de gestion la plus fréquente en petite structure.

Comment fonctionne la subrogation pour un employeur ?

Avec la subrogation, vous percevez directement les indemnités journalières à la place du salarié et lui versez un montant unique combinant IJSS et complément. L'avantage : un seul versement, pas d'avance de trésorerie pour le salarié, un bulletin plus lisible. La contrepartie : un suivi rigoureux des sommes reçues de la CPAM. Elle se coche sur l'attestation de salaire et reste vivement conseillée pour les arrêts longs.

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